Edward Elric (pengisi suara Romi Park) terdampar ke balik Gerbang Munich, Jerman, pada dimensi waktu tahun 1923. Ia bekerja sebagai insinyur roket di samping Alfons Heiderich (Shun Oguri), kembaran dunia nyata dari saudaranya. Di Amestris, Alphonse (Rie Kugimiya) mencari cara untuk menarik pulang Edward Elric. Sementara Ed menyelamatkan Noah (Miyû Sawai), perempuan Romani yang diburu karena bakatnya dalam membaca pikiran. Ed menggagalkan rencana alkemis nakal bernama Huskisson (Unsho Ishizuka), sebelum cerita kemudian melompat ke masa depan. Dan, Thule Society yang pro-Nazi, yang mengira Amestris adalah surga mitos Shamballa, lalu merobek pintu antara kedua dunia paralel itu.

Tayang di layar bioskop Jepang pada 23 Juli 2005, kisahnya mendapat kelanjutan dalam OVA (Original Video Animation) Kids. Film ini adalah konklusi resmi dari anime Fullmetal Alchemist (2003) yang memiliki alur cerita berbeda (orisinal) dari manga karya Hiromu Arakawa. LSF mengklasifikasikan film Fullmetal Alchemist The Movie : Conqueror of Shamballa, ini untuk penonton usia 13 tahun ke atas. (air)